Города эмирата. Внутренняя и внешняя торговля

Города в эмирате были опорой власти, центрами торговли и ремёсел и очагами учёности. Бухара с 1533 года была столицей ханства, а затем эмирата (до 1920 года); в ней были сотни мечетей, множество медресе и караван-сараев, и учиться сюда приезжали из Хивы, Коканда, Хисара и мусульманских земель России. Самарканд пришёл в упадок при Аштарханидах из-за войн и набегов кочевников; Мухаммад Рахим пытался его восстановить, а эмир Шахмурад, переселив людей из других городов, с 1780 года примерно отстроил его заново, так что к началу XIX века его население достигло 25–30 тысяч. Среди ремёсел были ткачество (бухарская алача, бёз, чит, самаркандский бархат), кузнечное дело, ювелирное дело, гончарное дело, обработка дерева и кожи; базар был одновременно экономическим и общественным центром. После XVI века падение значения Великого шёлкового пути ударило по торговле, поэтому на внутреннем рынке преобладали обычные ремесленные изделия и сельскохозяйственные продукты. Внешняя торговля продолжалась с Индией, Афганистаном, Ираном и Китаем, а в 1804 году в Оренбурге был основан двор бухарских купцов, расширивший торговлю с Россией.