Центральная власть и государственное управление в эмирате

Эмир Хайдар (1800–1826) сломил сопротивление нескольких областей и подчинил их центру, что увеличило государственные земли и число арендаторов-земледельцев. Тем не менее спокойствия достичь не удалось: борьба с Шахрисабзом и Миёнкалем продолжалась, шла война с Кокандским ханством за Ура-Тюбе, а в 1806 году хивинская армия напала и была отражена на Амударье. В 1804 году вспыхнуло восстание в Мерве, где наместником был его брат Диннасир-бек; во время его подавления, как говорят, была разрушена плотина Султанбенд, орошавшая оазис, и люди, оставшиеся без воды, ушли. В 1821 году тяжёлые налоги и мобилизация привели к восстанию в Миёнкале, и эмиру пришлось пойти на уступки. Эмир Насрулла (1826–1860) стремился объединить бекства в единое государство: борьба за Шахрисабз и Китаб длилась 30 лет, и они были подчинены в 1856 году. При нём вырос культ личности эмира и атмосфера страха. В 1842 году эмират взял Коканд, но в том же году восстание вернуло Коканду независимость; в 1843 году последовала война за Худжанд и Ура-Тюбе, в которой Бухара одержала верх.